Кафедра «Прикладная информатика» под названием «Информационные системы в экономике» была образована в 1996 году.
В октябре 1997 года произошло ее объединение с кафедрой «Инженерная графика» под общим названием «Экономические информационные системы».
Первый заведующий кафедрой – д.т.н., профессор Димов Э.М. С 2011 года по 2021 год ее возглавлял доктор технических наук, профессор Маслов О.Н.
В сентябре 2017 года кафедра «Экономические информационные системы» была переименована в кафедру «Прикладная информатика».
Первый выпуск по специальности «Информационные системы в экономике» состоялся в 1999 году. Ежегодно кафедра выпускает 20-30 специалистов по профилю 09.03.03 – Прикладная информатика (прикладная информатика в экономике), а также 10-15 магистров по специальности 09.04.03 – Прикладная информатика.
С 2021 год и.о. заведующего кафедрой «Прикладная информатика», доктор экономических наук, профессор Симагина Светлана Германовна.